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SOLID Roadshow

Am 23.01.2020 wurden Vorträge im Rahmen des HPC in Life Sciences User meeting Innsbruck zu folgenden Themen gehalten:

HPC for Life Sciences at University of Innsbruck

Bioinformatics helpdesk: Lessons from LiSC

Introduction to the Vienna Scientific Cluster

 

Medizinische Universität Innsbruck

Insitut für Bioinformatik

Die Forschungsaktivitäten am Institut für Bioinformatik sind auf zwei Schwerpunkte ausgerichtet:

  • Computational Genomics. Wir untersuchen verschiedene funktionelle Genomdaten im Zusammenhang mit menschlichen Krankheiten. Durch die Analyse von hochdimensionalen Datensätzen wollen wir Kandidatengene identifizieren und priorisieren sowie weitere Wege charakterisieren, die zur Pathophysiologie von Krankheiten beitragen.
  • Krebsimmunologie. Unser Ziel ist es, die Interaktion zwischen Tumor und Immunzelle mithilfe eines kombinierten rechnerisch-experimentellen Ansatzes zu entschlüsseln. Konkret geht es um die Frage, wie das Immunsystem das Mutationsspektrum des Tumors während des Fortschreitens prägt.

 Ressourcen

Die Einrichtung umfasst bioinformatische Softwaretools für die Analyse und Interpretation von Hochdurchsatzdaten, Pipelines für Deep-Sequencing-Anwendungen, Bilddatenanalyse, Genexpressionsdatenanalyse (Microarrays, RNAseq), Pathway-, Netzwerk- und regulatorische Sequenzanalysen und vieles mehr.

Operator: Medizinische Universität Innsbruck

Hardware: 504 cores, 16TB RAM, 2.3 PB storage

Software: Bioinformatik spezifische Programme

Homepage: Ibk computer facility

 

Universität Innsbruck

Supercomputer LEO4 ZID (IT-Center)

LEO4 ist ein Hochleistungsrechnercluster des ZID (IT-Center) der Universität Innsbruck, der in enger Zusammenarbeit mit dem Forschungsbereich Scientific Computing betrieben wird.

Betreiber: ZID Universität Innsbruck

Hardware: 1344 cores, 4.9TB (durchschn. 64GB) RAM, 147TB storage

Software: Bioinformatik spezifische Programme

Homepage: LEO4

 

Ansprechspersonen