Auf dem Weg zu Exascale: Bioinformatik und EuroHPC (Aktion bis 14.3. erforderlich)

Liebe KollegInnen,

im Ergebnis der Diskussion zu Exascakle Computing, bei der MR Weselka vom Wissenschaftsministerium anwesend war und bei der ATBI durch Andras Aszodi vertreten war, erarbeiten Irene Reichl und Herbert Störi derzeit ein Dokument zu den künftigen Anforderungen in diesem Bereich. Kern des Dokuments ist eine Tabelle aller Forschungsgruppen, für die Exascale computing relevant ist bzw. wird. Nachfolgend schicke ich Euch den draft des Dokuments und die Struktur der Tabelle:

Auf dem Weg zu Exascale

Codes und wissenschaftliche Fragestellungen in Österreich

zusammengestellt von: Herbert Störi und Irene Reichl | VSC Research Center | TU Wien

 

Die wissenschaftlichen Fragestellungen mit hohem Bedarf an cpu-Stunden gliedern sich 

+ in solche, bei denen eine einzige Rechnung tatsächlich hochparallel läuft

  • und in solche, die sich aus tausenden von weniger stark parallelisierten Jobs zusammensetzen.

 

Außerdem lassen sich Forschungs-Gruppen unterscheiden,

  • die neben ihrer wissenschaftlichen Arbeit selbst code entwickeln oder in einem internationalem Open Source Projekt als Entwickler mitwirken
  • und jene, die vorhandene Codes für ihre wissenschaftlichen Fragestellungen erfolgreich anwenden.

 

Gründe weswegen größere Ressourcen benötigt werden, um international kompetitive Forschung betreiben zu können, ließen sich unterteilen in:

  • Modellverfeinerung in der Grundlagenforschung (Verfeinerung der approximierten Lösung, zB. direkte Lösung der Schrödingergleichung, Berücksichtigung nichtlinearer Effekte, explizite Modellierung von Turbulenz, …)
  • Übergang von idealen Modellen zu realistischen Anwendungen — wenn möglich mit finanzieller Unterstützung der Industrie (multi-phase flows, …)
  • Rechnungen auf größerer Skala im Bezug auf Dimension/Zeit/Raum (von 1D auf 2D und 3D-Berechnungen erweitern, chemische Reaktionen/pharmazeutische/biologische Fragestellungen/seltene Ereignisse für einen längeren realen Zeitraum simulieren, räumlich größere Simulationsbox: für die realistische Modellierung lang-reichweitiger Effekte, …)

 

Für das von Irene und Herbert erstellte Dokument möchte ich Euch bitten, mir bis spätestens 14.3. abends zu mailen (thomas.rattei@univie.ac.at), was ich in den Feldern für Eure Forschungsthemen ausfüllen soll:
 
* Name, Arbeitsgruppe, Institut, Universität
* Forschungsgebiet
* code:
  + welche codes ?
  + eigene software-Entwicklung?
  + Software-Anwender?
* Skalierung eines einzigen jobs bis zu wieviel cores?
  (“typischerweise”, da vermutlich von Input/ Fragestellung abhängig)
  + lineare Skalierung
  + reasonable (zwar nicht mehr linear, 
    aber durchaus noch sinnvoll auf der Skalierung zu rechnen)
* wie viele solche jobs werden (typischerweise) für die Beantwortung 
  einer spez. wiss. Fragestellung benötigt?
* Rechnet wo ?
  + nationale Resourcen (LEO, VSC, MACH, ...), PRACE, ...
    wenn PRACE -- wer war/ist/wird PI ?
* (falls abschätzbar) Entwicklung der Parallelisierung und
  des Bedarfs an Rechenleistung in den folgenden Jahren?
* gesellschafts- politische Relevanz
 
Die Sprache soll nach Möglichkeit deutsch sein, v.a. der gesellschaftspolitische Nutzen.



​Danke und beste Grüße

Thomas Rattei

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