Graz
Technische Universität Graz
Institut für Computergestützte Biotechnologie - Sensen Team
Christoph W. Sensen interessiert sich vor allem für Forschungsthemen der Genomforschung und der Bioinformatik. Nachdem er zuvor in Kanada gearbeitet hatte, nahm seine Gruppe an vielen großen Genomprojekten teil, darunter kürzlich ein Oil Sands Metagenomics Research Program und das PhytoMetaSyn Program, das mit der Untersuchung der exprimierten Gene in 75 höheren Pflanzen zusammenhängt.
Die Computational Biotechnology Group führt Forschungsarbeiten durch, insbesondere zur Identifizierung von serumbasierten DNA-Markern für chronische Krankheiten und zur Entwicklung von schnellen und kostengünstigen Screeningsystemen für das Vorhandensein bestimmter DNA-Sequenzen in der Umwelt, und erbringt auch damit verbundene Dienstleistungen zu Hochdurchsatz-Bioinformatikanalysen.
Institut für Computergestützte Biotechnologie - Feichtinger Team
Der Forschungsschwerpunkt von Julia Feichtinger liegt auf der groß angelegten Analyse von Transkriptomik- und (Epi-) Genomik-Daten, insbesondere in Bezug auf lange nicht-kodierende RNAs.
Die Nutzung der großen Menge verfügbarer Sequenzierungsdaten ermöglicht es uns, ein umfassendes Bild der Genexpressionsmuster über Gewebe, Krankheiten und Zelltypen hinweg zu erstellen, und hilft uns daher, die zugrunde liegenden Mechanismen der Genexpressionsregulation und ihrer Dysregulation bei Krankheiten besser zu verstehen.
Fortschritte auf diesem Gebiet werden die Molekularbiologie und die klinische / biomedizinische Forschung erheblich fördern. Darüber hinaus unterstützen wir Biologen mit biostatistischen und bioinformatischen Analysen.
Institut für Computergestützte Biotechnologie - Thallinger Team
Unsere Forschung umfasst die Verwaltung und Verarbeitung von Hochdurchsatz-Screening-Daten sowie die Entwicklung von Datenbanken und Tools für deren rechnerische Analyse. Insbesondere interessieren wir uns für die Analyse verschiedener Datensätze, die mit Sequenzierungstechnologien der nächsten Generation, Massenspektrometrie und der Integration mehrerer Omics-Datensätze in eine gemeinsame Auswertung erstellt wurden.
Das interdisziplinäre Team aus Bioinformatikern, Biomedizinern, Chemikern, Ingenieuren und Mathematikern in unserem Labor schafft ein kreatives und inspirierendes Umfeld, um aktuelle Themen in den Biowissenschaften anzusprechen.
Institut für Biomedizinische Informatik
Das Institut für Biomedizinische Informatik unter der Leitung von Leila Taher entwickelt und nutzt bioinformatische Ansätze, um die Biologie der Genregulation zu verstehen.
Fünfzehn Jahre nach Abschluss des Humangenomprojekts ist die Anwendung auf die Diagnose, Prävention und Behandlung von Krankheiten noch in Arbeit. Der Grund dafür ist, dass sich die funktionelle Annotation auf die ~ 2% des Genoms konzentriert hat, das für Proteine kodiert. Das Genom enthält jedoch auch nicht-kodierende Sequenzen, die die Genexpression regulieren und für die normale Embryonalentwicklung und die Homöostase des adulten Gewebes entscheidend sind. Mutationen in diesen regulatorischen Sequenzen sind oft mit einem Krankheitsrisiko verbunden. Regulatorische Sequenzen umfassen sehr unterschiedliche und schwer zu charakterisierende Arten von Sequenzen, wie Promotoren, die sich in der Nähe der von ihnen regulierten Gene befinden, und Enhancer, die Hunderttausende bis Millionen Basenpaare von annotierten Genen entfernt sind. Jüngste Studien haben bestimmte Chromatinmodifikationen identifiziert, die funktionell unterschiedliche starke nichtkodierende Sequenzen definieren. Es ist jedoch noch unklar, wie Chromatinanalysen zum Verständnis der zugrunde liegenden molekularen Mechanismen eingesetzt werden können. Infolgedessen bleibt die systematische Identifizierung und Charakterisierung von regulatorischen Sequenzen ein herausforderndes Problem.
Wir sind interessiert an:
- Verbesserung unserer Kenntnisse über Struktur, Funktion und Entwicklung von regulatorischen Sequenzen;
- Erlangung eines prädiktiven Verständnisses der Krankheitsprozesse auf Netzwerkebene, um gezielte und personalisierte therapeutische Interventionen zu ermöglichen.
Medizinische Universität Graz
Core Facility Computational Bioanalytics
Die Core Facility Computational Bioanalytics (CF-CBA) bietet wissenschaftlichen und klinischen Forschern auf dem Gebiet der Biostatistik und Bioinformatik technische Unterstützung und Beratung. Umfangreiche Unterstützung kann bereits in der Phase des Studiendesigns bis hin zur Analyse, Interpretation und Visualisierung komplexer Daten bereitgestellt werden. Die Einrichtung konzentriert sich derzeit auf die Verwaltung und Analyse von genomischen und biologischen Daten im Bereich der Mikrobiomforschung, der Biomarkeridentifizierung und der Variantenklassifizierungsstudien. Wir haben auch eine Computerinfrastruktur für die NGS-Datenanalyse basierend auf Galaxy Project galaxy.medunigraz.at implementiert und unterstützen diese.
Universität Graz
Institut für Molekulare Biowissenschaften
Das Institut für Molekulare Biowissenschaften umfasst folgende Kerneinrichtungen:
- Core Facility präklinische MR
- Core Facility Massenspektrometrie
- Core Facility Mikroskopie
Das Institut für Molekulare Biowissenschaften konzentriert sich auf mehrere Forschungsthemen mit international sichtbarem Forschungsoutput. Diese Forschungsbereiche umfassen:
- Energie und Fettstoffwechsel
- Zellstress, Altern und Zelltod
- Infektionsbiologie
- Strukturbiologie
- Biophysik
- Proteinsynthese
- Ernährungsforschung
Ressourcen
Zwei Hochleistungsrechensysteme werden von der Universität Graz betreut, Frodo und Sauron.
Frodo:
Operator: Universität Graz
Hardware: 444 cores, 48 GB RAM per node, 20 TB Speicher
Software: Bioinformatik spezifische Programme
Homepage: Frodo
Sauron:
Operator: Universität Graz
Hardware: 1584 cores, up to 256 GB RAM per node, 100 TB Speicher
Software: Bioinformatik spezifische Programme
Homepage: Sauron
Ansprechspersonen